Ernst von Marschall stammt aus Unteribental im Schwarzwald, studierte Violine bei Nicolas Chumachenco in Freiburg, Kammermusik beim Melos-Quartett in Stuttgart und Dirigieren bei Günther Wich in Würzburg.
In Würzburg leitete er von 1985-90 das Cantatenensemble Würzburg, er wurde Stipendiat der Richard-Wagner-Gesellschaft. Nach einer Spielzeit am Würzburger Stadttheater übernahm er 1989 das Düsseldorfer Jugendsinfonieorchester. Als Chordirigent dirigierte er Konzerte u.a. mit der Singakademie Chemnitz, dem Musikverein zu Düsseldorf und dem Reading Festival Chorus. Er war Teilnehmer des Deutschen Dirigentenforum mit Claus Peter Flor sowie Assistent von Marcello Viotti. Gastdirigate bei internationalen Musikfestivals führten ihn nach England, Frankreich, Spanien, Polen und Ungarn.

Nach seinem Debüt bei den Düsseldorfer Symphonikern (Juni 1996 Bernstein „Symphonic Dances from West Side Story“ und Gershwin „Rhapsody in blue“) weitere Engagements mit demselben Orchester sowie Einladung für die Uraufführung von Reinhard Flenders Oper „Mein lieber blauer Reiter“ nach Texten von Else Lasker-Schüler beim Festival Hamburger Begegnung und auf Schloss Elmau. Regelmäßige Gastdirigate führten ihn zum Westsächsischen Sinfonieorchester nach Leipzig.
Im Januar 2000 folgte in einer Rundfunkproduktion sein Debüt beim Sinfonieorchester des WDR in Köln. Im selben Jahr übernahm er die Produktion von Oskar Gottlieb Blarrs Oper „Josef Süß Oppenheimer-genannt Jud Süß“ und dirigierte sie in Essen, Münster, Wuppertal, Düsseldorf und Köln. Im Jahr 2001 gründete er die Orchesterakademie NRW, mit der er Konzerte in Düsseldorf, Krefeld, Wuppertal, Köln, Berlin und in der Alten Oper Frankfurt am Main gab. Am 11.Mai 2002 wurde seine Arbeit in Berlin durch die Europäische Kulturstiftung „Pro Europa“ unter der Schirmherrschaft des Bundespräsidenten Johannes Rau mit dem Europäischen Baklin-Kulturpreis geehrt.