Jaroslav Kubita studierte am Prager Konservatorium und an der Prager Akademie für Darstellende Künste. 1984-96 war er beim staatlichen Opernorchester in Prag und dem Prager Radio-Symphonieorchester als erster Fagottist engagiert. Seit 1996 ist er Mitglied der Tschechischen Philharmonie, seit 2003 als erster Fagottist. Bereits vor Beendigung seines Studiums machte Jaroslav Kubita mit zahlreichen Wettbewerbserfolgen auf sich aufmerksam. Zu nennen sind erste Preise im „Prague Spring“ Wettbewerb 1991 und im polnischen Leszno-Wettbewerb 1988. Zudem war er Preisträger im C.M. von Weber- Wettbewerben in München (1987) und beim Wettbewerb der International Double Reed Society in Manchester (1989). Als Solist tritt er sowohl im seiner Heimat, als auch im Ausland auf.
Jaroslav Kubita ist Mitglied der Kammermusik-Ensembles Modo Camerale, Prager Barock-Ensemble und „Czech Wind Harmony“. Seit 2009 ist er Dozent für Fagott an der Janá ek Akademie für darstellende Künste in Brno.